Le CMIE est régi par un conseil d'administration composé de 5 membres élus représentants des entreprises adhérentes et de 5 membres de droit représentants des partenaires sociaux au sein des entreprises et membres de la commission de contrôle.
Au 1er janvier 2019, la composition est la suivante :
Représentants employeurs :
AB Conseil, Axe Partner, Centre Médical Europe, MS Conseil, Pharmacie Homéopathique de l'Europe.
Représentants salariés :
Un représentant de la CFDT, un représentant de la CFE-CGC, un représentant de la CGT, un représentant de la CFTC et un représentant de FO.
Le Conseil d'administration a élu Madame Claudine SULITZER à la Présidence le 26 avril 2006.
L’organisation et la gestion du CMIE sont placées sous la surveillance d’une Commission de contrôle. Elle est consultée et informée dans le cadre de l'organisation et du fonctionnement du CMIE. Son avis est notamment sollicité en ce qui concerne :
Le CMIE est un organisme agréé par la Direction régionale des entreprises, de la concurrence, de la consommation, du travail et de l’emploi (DIRECCTE) qui exerce une mission générale de conseil et de contrôle, en regard des exigences réglementaires en Santé au Travail figurant dans le Code du Travail.
Le CMIE rend compte de manière périodique à la DIRECCTE IDF de son organisation, de son fonctionnement, de l’atteinte de ses objectifs et obligations.